方舟子(方是民)与崔永元的名誉权纠纷案今天上午在海淀法院开庭审理，当事双方均未到庭。法庭上，方舟子一方坚持崔永元损毁其名誉，是案件升级的始作俑者，而崔永元一方表示，双方对簿公堂源自于两人对转基因食品的观点不同所致，方舟子在网上的所作所为是为转基因食品鸣锣开道。
方舟子的律师宣读起诉意见前，先是把方舟子今年获得的各种荣誉在法庭上念了一遍，同时表示，因为其“因批评、揭发中国科学界和教育界的学术腐败现象等得罪了一些利益集团和个人”。
在起诉书中方舟子称，2013年9月崔永元发微博信息“转基因食品，你吃吗，你可以选择吃，我可以选择不吃。你可以说你懂科学，我有理由有权利质疑你懂的科学到底科学不科学。你可以说我白痴，我也可以说你白吃”。
之后双方进行了争论。方舟子指出崔永元许多言论没有事实依据。再后，崔永元转各种各样的涉及方舟子的谣言，对其进行人身攻击；还发表了数十条对方舟子的侮辱、诽谤微博。包括：“以肘子为头目的网络流氓暴力集团”、“肘子最脏，坑蒙拐骗都干过，可它是三无人员脸皮又奇厚”等大量明显侮辱、诽谤的内容。
方舟子认为，崔永元以其前央视电视节目主持人的身份发表侵权言论，更加误导公众，影响舆论，侵权影响极为恶劣。总之，崔永元之行为已构成对原告名誉权之侵害，遂提出32万的赔偿并要求崔永元在《人民日报》等媒体上致歉。
崔永元多次提及转基因
记者从崔永元助理处了解到，崔永元因为工作关系，今天将无法到庭。但是，崔永元的新浪微博今天还刚刚更新过，小崔在新浪微博上说“对了，方是民劣迹还未在新浪微博系统揭露过 ，今天开始吧”，并将该条微博置顶，时间显示是凌晨3点28分。同时，崔永元的律师在法庭上也表示，涉案的24条微博，小崔一条也没有删除。
对方舟子的起诉，崔永元答辩表示，方舟子诉称崔永元侵犯其名誉权的微博，是崔永元基于公共利益的考虑，为了批评、驳斥方舟子的错误言论而发表的，没有诽谤、侮辱方舟子人格的内容，不侵犯方舟子的名誉权。
涉诉微博的内容均有事实依据，没有侮辱方舟子人格的语言。“流氓”、“骗子”等意见表达用语均针对方舟子的某些特定的行为，有事实上的依据，该用语在网络语言环境下，尚达不到侮辱方舟子人格尊严的程度，方舟子亦经常使用该类用语评价他人。因此，无论是事实描述还是意见表达，涉诉微博均不侵犯方舟子的名誉权。
崔永元基于公共利益质疑、批评、驳斥方舟子的错误言论，没有恶意损害其名誉权的主观故意，不侵犯其名誉权。从起因、过程以及结果来看，涉诉微博系基于公共利益发表的非恶意的合理质疑和批评，不侵犯方舟子的名誉权。
崔永元反诉
方舟子恶意挑起事端
崔永元的代理人表示，两人之间的纠纷，肇因于双方对转基因食品安全性的观点不同，原本应该平等理性争鸣。但方舟子恶意挑起事端，先是污蔑崔永元“传谣”，指责崔永元“根本不懂”没有“资格质疑”，继而通过侮辱、诽谤的方式恶意攻击崔永元及其团队。直至用诉讼的方式，妄图实现其话语霸权，让崔永元“闭嘴”，为转基因鸣锣开道。
方舟子的行为属于恶意诉讼，为正视听，崔永元提起反诉。
在反诉状的结尾，崔永元说，转基因食品的安全性问题一直是一个充满争议的话题，他质疑转基因食品的安全性，是行使公民言论自由的行为，其初衷是主张在转基因食品不能确定百分百无害的前提下，就不能轻易成为老百姓的主粮食品，即使要成为老百姓的入口食品，至少要给消费者知情权和选择权。
因此除了要求方舟子公开道歉外，还要求其赔偿67万元。
在举证质证阶段，崔永元一方则提供了海量的证据，其中就有美国加州圣地亚哥县资产管理局网站查询结果，表明方舟子及其妻子刘菊花在美国拥有房产。
方舟子答辩 崔永元无道德与转基因无关
方舟子答辩称，崔永元的诉讼理由罔顾事实，混淆是非。双方间的纠纷并非方舟子恶意挑起事端，也并非因为转基因观点的不同所致，而是崔永元突破道德和法律底线使用侮辱诽谤的语言攻击答辩人引起。
崔永元所列举的方舟子对其言行的评论均不构成对其名誉权的侵害。方舟子对崔永元从事或参与的公益项目的评论或微博言论均是基于事实有根有据的合理质疑。崔永元的反诉属于恶意诉讼，本质为吞并或抵消本诉，请法院依法驳回反诉请求。
在举证质证阶段，方舟子一方提供了三组证据，其中包括微博证据和证实转基因食品安全性的证据。
